Die Gemeinde La Côte-aux-Fées liegt an der Grenze zu Frankreich und zum Waadtland. Sie umfasst das Tal Combe des Mulets. Die Gemeinde erstreckt sich im Norden auf die Höhe Mont des Verrières mit ausgedehnten Jurahochweiden, im Süden über die Höhe der Pâturages des Bourquin und im Osten über das schluchtartige Vallon de Noirvaux bis zur vordersten Jurakette nahe des Chasseron. Zur Gemeinde gehören mehrere Weiler und verstreute Einhelhöfe. Im Wald oberhalb von Saint-Olivier liegt die Grotte aux Fées. Die Gemeinde lebt bis heute von der Landwirtschaft und von traditionellen Industriebetrieben.
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