Lengnau liegt im Surbtal, im Bezirk Zurzach, rund 7 km von der deutschen Grenze entfernt. Die Gemeinde liegt in der Übergangszone zwischen Tafeljura im Norden und dem Schweizer Mittelland im Süden. Das Dorf besteht aus den Ortsteilen Oberlengnau und Unterlengnau, deren Bebauung heute zusammengewachsen ist. Beide Ortsteile liegen an der Surb.
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