Die erste Besiedlung der Gegend von Wünnewil geht auf die Römerzeit zurück. Im 11. Jahrhundert gehörte das Gemeindegebiet zum Einflussbereich der Zähringer, wovon Reste ehemaliger Befestigungen beim Altschloss in Wünnewil und in Dietisberg zeugen. Die Doppelgemeinde erstreckt sich an der Sense und auf dem südlich angrenzenden Hochplateau, im östlichen Freiburger Mittelland. Wünnewil hat einen ländlichen Charakter bewahrt, während Flamatt eher industriell erscheint. Dank der guten Verkehrsanbindung entwickelte sich in Flamatt seit den 1970er Jahren eine grössere Industrie- und Gewerbezone.
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