Thundorf liegt in einem Hochtal zwischen den Höhen des Wellenbergs und des Immenbergs. Die Gemeinde liegt im Bezirk Frauenfeld und besteht aus den drei Dörfern Lustdorf, Thundorf und Wetzikon. Thundorf liegt auf einer Höhe von 550 m ü. M. Im Tal fliesst der Tuenbach, der oberhalb des Getschhuuserweiers entspringt und der Lommisbach, der als Quellbach in den Tuenbach mündet. Thundorf ist verkehrstechnisch gut erschlossen, die Höhen sind beliebt als Wander- und Langlaufgebiet. Die ländliche Gemeinde hat in den letzten Jahren durch den Bau zahlreicher Wohnhäuser viele neue Bewohner angezogen.
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