Das Dorfzentrum liegt am Rande der flachen, fruchtbaren Ebene der Reuss, rund einen halben Kilometer östlich des Flusses und unweit von Bremgarten, Zürich und Zug. Dem Flussufer entlang gibt es Auenwälder und kleinere Sumpfgebiete. Jonen gehört zum Bezirk Bremgarten.
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