Die Gemeinde Boécourt liegt zwischen Delémont und Porrentruy im Herzen des Juras. Zu Boécourt gehören die Weiler Séprais und Montavon. Boécourt liegt auf einer Höhe von 527 m ü. M. und ist die letzte Ortschaft vor der Passhöhe von Les Rangiers, die das Ajoie und Clos du Doubs miteinander verbindet.
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